Nomenklatur för vanliga SNP
analyser
Camilla Valtonen André och Annica Pontén
Tisdag den 10 november 2015
Nomenklaturregler SNP-analyser
Exempel APOE
DNA-Apolipoprotein E genotyp
Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal
Fel enligt HGVS att använda trivialnamn.
Hur ska E4 anges?
2
Nomenklaturregler SNP-analyser
Exempel APOE
DNA-Apolipoprotein E genotyp
Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal
Fel enligt HGVS att använda trivialnamn.
Hur ska E4 anges?
p.Cys112Arg (C112R)
Också fel, refererar till ett protein utan signalpeptid
Variation på DNA-nivå skall anges
3
Nomenklaturregler SNP-analyser
Exempel APOE
DNA-Apolipoprotein E genotyp
Allelvarianten E4 ger ökad risk för Alzheimers sjukdom, E3 är normal
Fel enligt HGVS att använda trivialnamn.
Hur ska E4 anges?
Rätt:
Med gensymbol:
APOE: c.388T>C (p.Cys130Arg)
Variationen angiven med RefSeq (kodande sekv):
NM_000041.3:c.388T>C alt NM_000041.3(APOE):c.388T>C
Variationen angiven med RefSeq (genomisk sekv):
NG_007084.2:g.7903T>C
4
Nomenklaturregler SNP-analyser
Exempel Laktasgenen (LCT)
Kromosom 2
2q21.3
DNA
Intron 13
LCT g.-13913T>C
............AAGATAATGTAGCCCCTG............
” Rätt? ”
LCT g.-13915T>G
LCT g.-13910C>T
LCT g.-13914G>A
5
LCT g.-13907C>G
Nomenklaturregler SNP-analyser
Exempel Laktasgenen (LCT)
Fel!
Det är svårt att matcha en korrekt HGVS-nomenklatur med
den ”inarbetade” angivna positionen -13910!
Variationen angiven med RefSeq LCT-genen (kodande sekv):
NM_002299.2:c.-13907C>T alt NM_002299.2(LCT):c.-13907C>T
Numreringen blir fel!
Variationen angiven med RefSeq för MCM6 (kodande sekv):
NM_005915.5:c.1917+326C>T alt NM_005915.5(MCM6):c.1917+326C>T
Variationen angiven med RefSeq för MCM6 (genomisk sekv):
NG_008958.1:g.30366C>T
Med endast gensymbol:
MCM6: c.1917+326C>T
Mest ”fel”: LCT: g.-13910C>T
6
Nomenklatur somatiska mutationer
Samma nomenklaturregler enligt HGVS
Alla kända somatiska mutationer finns listade i en publik databas
COSMIC = Catalogue of somatic mutations in cancer
http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic
7
Nomenklatur somatiska mutationer
Exempel
JAK2 = Janus Kinase 2
Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar
Substitution (missense) exon 14, kodon 617
HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe)
Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F)
8
Nomenklatur somatiska mutationer
Exempel
JAK2 = Janus Kinase 2
Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar
Substitution (missense) exon 14, kodon 617
HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe)
Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F)
EGFR = Epidermal Growth Factor Receptor
Mutationer i exon 18-21 (tyrosinkinasdomänen) vid icke småcellig lungcancer
Deletion (in frame) exon 19
HGVS: EGFR: c.2235_2249del (p.Glu746_Ala750del)
Cosmic: EGFR c.2235_2249del15 (p.E746_A750delELREA)
9
Nomenklatur somatiska mutationer
Exempel
JAK2 = Janus Kinase 2
Mutationer i exon 12 eller 14 vid myeloproliferativa sjukdomar
Substitution (missense) exon 14, kodon 617
HGVS: JAK2: c.1849G>T (p.Val617Phe)
Cosmic: JAK2 c.1849G>T (p.V617F)
EGFR = Epidermal Growth Factor Receptor
Mutationer i exon 18-21 (tyrosinkinasdomänen) vid icke småcellig lungcancer
Deletion (in frame) exon 19
HGVS: EGFR: c.2235_2249del (p.Glu746_Ala750del)
Cosmic: EGFR c.2235_2249del15 (p.E746_A750delELREA)
BRAF = v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1
Mutationer i exon 15 vid flera olika tumörsjukdomar
Deletion/insertion (Indel) exon 15, kodon 600
HGVS: BRAF: c.1799_1800delinsAA (p.Val600Glu)
Cosmic: BRAF c.1799_1800TG>AA (p.V600E)
”Trivialnamn”
V600E komplex
10
TACK FÖR UPPMÄRKSAMHETEN!
11
