Metodutveckling av DNAextraktion och kvantifiering av
Chlamydia trachomatis med
kvantitativ PCR
Fredrik Jönsson
Vårterminen 2014
Examensarbete, 15 hp
Biomedicinska analytikerprogrammet, 180 hp
1
Institutionen för Klinisk mikrobiologi
Biomedicinsk laboratorievetenskap
Biomedicinska analytikerprogrammet
Examensarbete, 15 hp
Kursansvarig lärare: Ylva Hedberg Fransson ylva.hedberg.fransson@climi.umu.se
Examensarbetets engelska titel: Method Development of DNA Extraction and
Quantification of Chlamydia trachomatis with Quantitative PCR
Handledare: Åsa Gylfe, Institutionen för klinisk mikrobiologi
Läraropponent:
Mari Norgren
Examinator:
Ylva Hedberg Fransson
Datum för godkännande:
2014 – 06 – 17
2
Abstrakt
Chlamydia trachomatis orsakar den vanligaste sexuellt överförda sjukdomen i Sverige och är den
viktigaste infektiösa orsaken till blindhet i utvecklingsländer. N-acylerade sulfonamider är sulfaliknande substanser med antiklamydiell effekt men med okänd verkningsmekanism. Mutanter av C.
trachomatis resistenta mot N-acylerade sulfonamider har tidigare selekterats fram genom odling vid
subinhibitoriska nivåer av kandidatsubstansen och isolerats genom plaque assay. Syftet med arbetet
var att etablera en metod för DNA-extraktion och kvantifiering av C. trachomatis med kvantitativ PCR
riktad mot omcB för att karaktärisera de resistenta isolatens tillväxtförmåga. DNA extraherades med
1-Step DNA Isolation Kit for Bacteria och som standardkurva användes C. trachomatis DNA tillsatt till
icke-infekterade cellodlingar som extraherades på samma sätt. Kvantifiering med realtids-PCR kunde
påvisa signifikanta skillnader i tillväxt mellan de resistenta isolaten och vildtypen vid högre
koncentrationer av kandidatsubstansen samt även mellan vissa av de resistenta isolaten. Konklusionen
var att den utprövade metoden kunde användas för kvantifiering, men att den höga biologiska
variationen kan vara problematisk vid analys av skillnader i tillväxt mellan isolaten.
Nyckelord
DNA-extraktion, kvantitativ PCR, Chlamydia trachomatis, läkemedelsutveckling, antibiotika
3
